Tras la violencia, el gobierno alemán anunció que la Kristallnacht había estallado como un estallido espontáneo de sentimiento público en respuesta al asesinato de Ernst vom Rath, un oficial de la embajada alemana en Paris. Herschel Grynszpan, un judío polaco de 17 años, había asesinado al diplomático el 7 de noviembre de 1938. Unos días antes, las autoridades alemanas habían expulsado del Reich a miles de judíos de ciudadanía polaca que vivían en Alemania; Grynszpan había recibido noticias que sus padres, residentes de Alemania desde 1911, estaban entre los expulsados.

Inicialmente vedados de entrar a su Polonia natal, los padres de Grynszpan y los otros judíos expulsados se encontraron varados en un campo de refugiados cerca del pueblo de Zbaszyn en la región fronteriza entre Polonia y Alemania. Viviendo ya él mismo ilegalmente en Paris, un Grynszpan desesperado aparentemente buscó venganza por las precarias circunstancias de su familia apareciendo en la embajada alemana y disparándole al oficial diplomático designado para asistirlo.

Vom Rath murió el 9 de noviembre de 1938, dos días después del atentado. El día de su muerte coincidió por casualidad con el aniversario del golpe de 1923, ocurrido en una cervecería de Múnich. El aniversario era un día importante en el calendario Nacional Socialista. El liderazgo del Partido nazi, reunido en Múnich para la conmemoración, eligió usar la ocasión como pretexto para lanzar una noche de excesos antisemitas. El ministro de Propaganda Joseph Goebbels, un instigador principal del pogrom, dio a entender a la “Guardia Vieja” del partido allí reunida que el “Judaísmo Mundial” había conspirado a cometer el asesinato de vom Rath y anunció que, “el Führer ha decidido que … las manifestaciones no deberán ser ni preparadas ni organizadas por el Partido, pero en tanto estallen espontáneamente, no deben obstaculizarse”.

Las palabras de Goebbels parecen haber sido tomadas como una orden para desencadenar el pogrom. Después de su discurso, los líderes regionales del Partido ahí reunidos dieron instrucciones a sus oficinas locales. La violencia empezó a estallar en varias partes del Reich durante toda la noche y la madrugada del 9 al 10 de noviembre. A la una y veinte de la mañana el 10 de noviembre, Reinhard Heydrich, en su capacidad de jefe de la Policía de Seguridad (Sicherheitspolizei) mandó un telegrama urgente a las oficinas centrales y estaciones locales de la Policía Estatal y a los líderes de las SA en sus varios distritos, que contenía directivas respecto a los disturbios. Equipos de las SA y la Juventud Hitleriana a través Alemania y sus territorios anexados participaron en la destrucción de casas y negocios judíos; miembros de muchos de los equipos llevaban ropa de civiles para apoyar la ficción que los disturbios eran expresiones de la “reacción del público indignado”.

A pesar de la apariencia exterior de una violencia espontánea, y los caracteres locales del pogrom en las distintas regiones del Reich, las órdenes centrales que venían de Heydrich contenían instrucciones específicas: los alborotadores “espontáneos” no podían tomar medidas que pudieran dañar personas o propiedad alemana no judía; no podían someter a los extranjeros (aún los extranjeros judíos) a actos violentos; y tenían que sacar los archivos de las sinagogas antes de destrozar esas y otras propiedades de las comunidades judías, y debían transferir esos archivos al Servicio de Seguridad (Sicherheitsdienst, o SD). Las órdenes también indicaban que los oficiales de la policía debían arrestar la mayor cantidad de judíos que las cárceles locales pudieran alojar, preferiblemente hombres jóvenes y sanos.

Los alborotadores destrozaron 267 sinagogas a través de Alemania, Austria, y los Sudetes. Muchas sinagogas ardieron toda la noche, a plena vista del público y los bomberos, que habían recibidos ordenes de intervenir solamente para prevenir que la llamas se extendieran a edificios cercanos. Miembros de las SA y la Juventud Hitleriana a través del país destrozaron las vitrinas de aproximadamente 7.500 establecimientos comerciales de propiedad judía y los saquearon. Los cementerios judíos también fueron particular objeto de profanación en muchas regiones.

El pogrom fue particularmente destructivo en Berlín y Viena, hogar de las dos comunidades judías más grandes del Reich alemán. Grupos de hombres de las SA rondaban por las calles atacando judíos en sus casas y forzándolos a realizar actos de humillación publica. Aunque el asesinato no figuraba en las directivas centrales, Kristallnacht se cobró las vidas de por lo menos 91 judíos entre el 9 y 10 de noviembre. El archivo policial del periodo documenta que un alto número de violaciones y suicidios ocurrieron con posterioridad a los disturbios.

Mientras el pogrom se extendía, unidades de las SS y la Gestapo (policía secreta estatal) bajo instrucciones de Heydrich arrestaron a hasta 30.000 hombres judíos y transfirieron a la mayoría desde las cárceles locales a Dachau, Buchenwald, Sachsenhausen y otros campos de concentración. Kristallnacht marca la primera instancia en la cual el régimen nazi encarceló a judíos en una escala masiva basándose simplemente en su etnicidad. Cientos murieron en los campos a causa del tratamiento brutal que soportaron; la mayoría consiguieron la liberación en los próximos tres meses bajo la condición que empezaran el proceso de emigración de Alemania. Por cierto, los efectos de Kristallnacht servirían para estimular la emigración de judíos de Alemania en los meses venideros.

Inmediatamente después del pogrom, muchos líderes alemanes, como Hermann Göring, criticaron las extensas pérdidas materiales que resultaron de los disturbios antisemíticos, señalando que si no se hacía nada para intervenir, las compañías de seguro alemanas -- no los comercios de propiedad judía -- serían quienes cargarían con el costo de los daños. Sin embargo, Göring y otros jefes del partido nazi decidieron usar la oportunidad para introducir medidas para eliminar a los judíos y la percibida influencia judía de la esfera económica alemana. El gobierno alemán hizo una declaración inmediata que “los judíos” mismos eran culpables del pogrom e impusieron a la comunidad judía-alemana una multa punitiva de mil millones de Reichsmark (unos 400 millones dólares estadounidenses a las tasas de 1938). El gobierno del Reich confiscó todas las indemnizaciones pagadas por las compañías de seguro a los judíos cuyos negocios y casas fueron saqueados o destrozados, dejando a los dueños judíos personalmente responsables por los costos de todos los arreglos.

En las semanas siguientes, el gobierno alemán promulgó docenas de leyes y decretos destinados a privar a los judíos de su propiedad y sus medios de vida. Muchas de estas leyes impusieron una política de “arianización” -- la transferencia de activos y empresas de propiedad judía a propiedad “aria”, usualmente por una fracción de su valor real. Subsiguiente legislación excluyó a los judíos, ya sin derecho a trabajar en el sector público, de ejercer sus profesiones en el sector privado y avanzó aún más en la eliminación de los judíos de la vida pública. Los oficiales de educación alemanes expulsaron a los niños judíos que todavía asistían a las escuelas alemanas. Los judíos alemanes perdieron su derecho a tener una licencia de conducir o de ser dueños de un automóvil; y la legislación impuso restricciones sobre el acceso al transporte público. Los judíos no podían ir más a los teatros, cines y sala de conciertos “alemanes”.

Los eventos de Kristallnacht representaron uno de los más importantes puntos decisivos de la política antisemita nacionalsocialista. Los historiadores han notado que después del pogrom, la política anti-judía se concentró más y más concretamente en las manos de las SS. Además, la pasividad con la cual la mayoría de los civiles alemanes respondió a la violencia señalaba al régimen nazi que el público alemán estaba preparado para medidas más radicales. El régimen nazi expandió y radicalizó las medidas dirigidas a la completa eliminación de los judíos de la vida social y económica alemana en los años venideros, moviéndose eventualmente hacia políticas de emigración forzada, y finalmente hacia la realización de una Alemania “libre de judíos” (judenrein) a través la deportación de la población judía “hacia el este”.

Así, Kristallnacht figura como un momento decisivo fundamental en la persecución de los judíos por los nazis, que culminó en el intento de aniquilar a los judíos europeos.